基于对生产成本和系统洁净效果以及稳定性的考虑，现代 生物工程 行业的百级洁净层流区域的建设基本上是由FFU层流罩来建造的。而传统的层流罩，存在着一系列 的质量缺陷，早已退出了 洁净系统的市场 。一个风机洁净系统与FFU层流罩比较有以下不足:
1、产生层流方面。一个风机送风，由于过滤器与风机 存在的一定的 距离，其出风面的的风速会有很大差异，所产生的气流很难达到层流。而百级区域要求气流严格按照层流方向流动，所以这种方法很难使系统达到完美的百级和层流效果 。
2、风机方面。整个系统只有一台风机，这对风机的要求非常高！一旦风机出故障，整个系统就会陷入瘫痪无法运行，此时必须停产检修。这对正在生产旺 季的厂家来说，会造成一笔巨大的损失！整个洁净系统的投入是无法于这种损失相比较的。而百级洁净区对风机的这种高要求，几乎无法保证风机的可靠性，出问题 是无法避免的。
3、寿命方面。系统中 的 过滤器只能采用压块式安装，再加上不稳定的风速和压力的影响，传统的安装方式会大大降低 高效过滤器 的寿命。对系统的维护和成本的投入是 不利 的。
4、密封性方面。无论是箱体中的中效还是末端的高效，由于固定方式的局限，很容易产生泄漏。气流的泄漏是没有办法弥补的，对整个系统来说是一个致命的缺陷，将直接影响到保持系统的洁净度，厂家生产会增加生产成本。而一旦产生泄漏，在系统中安装压差表是没有任何意义的。
5、噪声方面。由于风机的高强度运转，噪声非常大，最高可达到上百分贝，影响生产环境和工人工作，甚至会危害到工人身体，这对人是第一生产力企业来说，无疑是一个不容忽视的问题。
6、维护方面。 高效过滤器 采用压块式固定方式，而箱体内过滤器为保证其密封性，其更换并不容易，而为保护高效又不得不时常更换，所以维护起来并不象想象中那么简单。